CE 75, deux ans après la guerre, les nations vivent en paix.
L'Alliance est dirigée par une Princesse qui semble accepté les Coordinateurs et qui ne nourri aucune haine envers eux.
Les Plant's sont à présent diriger par Lacus Clyne, qui a accepté le poste dés la fin de la guerre, suivie par Kira Yamato.
Orb est toujours mener par Cagalli Yula Athha qui suit ses idéaux et ceux de son père. Elle est soutenue par Athrun Zala.
Tout semble donc aller pour le mieux et une paix durable semble possible grâce à ces trois princesse. Mais dans l'ombre, les partisans du LOGOS et Blue Cosmos prépare une guerre visant à anéantir les Coordinateurs. Comme première action, ils ont attaquer une base de ZAFT sur Terre avec un Destroy ce qui eut pour effet la destruction de cette base. L'Alliance à tenu à préciser auprès de Lacus Clyne que ce n'était pas elle l'auteur de cette attaque. Plus tard, une annonce officielle s'est répandue, annonçant les intentions du Black Logos, groupe dont les soldats sont des Naturels entrainer comme les Extendeds, d'ailleurs on compte aussi quelques membre de ce gêne au sein de cette armée, ceux n'ayant pas put être utiliser par l'Alliance lors du précédant conflit comme le Prince.
L'extermination des Coordinateurs vient de commencer pour le Black Logos qui annonce aussi qu'il n'hésitera pas à exterminer l'Alliance et Orb si ces nations ne les rejoints pas. Le Black Logos est diriger par un jeune Prince impitoyable qui après une longue préparation entre en scène.